Köyceğiz'in tarihi M.Ö 1200 yılına kadar uzanıyor. Sırasıyla Karyalılar, İyonlular, Dorlar, Akalar, Karya - Lidya ittifakı, Persler, Helenler, Romalılar, Selçuklular, Menteşeoğulları ve Osmanlı İmparatorluğu bölgede hakimiyet kurmuşlar. Köyceğiz; Antik çağda "Kaunos", Anadolu Selçukluları, Menteşeoğulları ve Osmanlılar devrinde "Yüksekkum" ve "Köyceğiz" adıyla anılmış. Menteşeoğulları döneminde ise bir yerleşim yerine dönüşmüş.

Gölün taşkınlıklarından dolayı, ilçe merkezi önce Dalyan sonra yeniden Köyceğiz köyüne taşınmış.1894'te ise Köyceğiz ilçe merkezinin bulunduğu yere (Yüksekkum'a) yerleşim merkezi olarak kabul edilmiş.